人类基因组中的增强子元素控制着基因在特定细胞类型中的表达方式，并隐藏着成千上万的遗传变异，这些变异会影响常见疾病的风险。然而，我们仍然不知道增强子是如何调节特定基因的，我们也缺乏预测增强子在细胞类型间的基因连接的一般规则。近日，MIT-哈佛大学博德研究所Jesse M. Engreitz、Eric S. Lander的研究团队合作，利用新研发的技术，建立了数千种CRISPR扰动引起的增强子-启动子调控的接触活动模型。研究人员开发了一种叫做CRISPRi-FlowFISH实验方法来打乱基因组中的增强子，并将其用于测试30个基因中的超过3500个潜在增强子与基因的连接。研究人员发现一个简单的接触活动模型在预测CRISPR数据集中的复杂连接方面远胜过先前的方法。通过接触活动模型，研究人员可以在染色质状态测量的基础上，构建特定细胞类型中增强子与基因的连接的全基因组图谱。CRISPRi-FlowFISH和接触活动模型共同提供了一种系统的方法来定位和预测哪些增强子调节哪些基因，并将有助于解释非编码基因组中数千种疾病风险变体的功能。

Charles P. Fulco, Joseph Nasser, Thouis R. Jones, et al. Activity-by-contact model of enhancer–promoter regulation from thousands of CRISPR perturbations. Nature Genetics, 2019.

DOI: 10.1038/s41588-019-0538-0

https://www.nature.com/articles/s41588-019-0538-0