蛋白质是生物过程中必不可少的物质。迄今为止,包括CCLE在内的细胞系集合的大规模分析主要集中在遗传信息上,而对蛋白质组的深入研究仍然很少。近日,美国哈佛医学院Steven P. Gygi、David P. Nusinow等研究人员,通过质谱法对来自不同谱系的375种细胞系中的数千种蛋白质进行定量分析,从而扩展了CCLE,并揭示了DNA和RNA方法未发现的信息。研究人员观察到RNA信息中大量缺失的通路内和通路之间的未知关联。对微卫星不稳定(MSI)细胞系的分析揭示了与突变和翻译监测相关特定蛋白质复合物的失调。这些以及其他蛋白质复合物与对几种不同基因敲低的敏感性有关。这些数据与更广泛的CCLE相结合,可作为探索细胞行为并促进癌症研究的广泛资源。
亮点
1、量化来自CCLE中不同谱系的375个细胞系的蛋白质组。
2、跨许多途径的蛋白质的相关表达。
3、多个蛋白质复合物在微卫星不稳定性中的下调。
4、与基因敲除和突变敏感性相关的蛋白质复合物。
David P. Nusinow, John Szpyt, Mahmoud Ghandi, et al. Quantitative Proteomics of the Cancer Cell Line Encyclopedia. Cell, 2020.
DOI: 10.1016/j.cell.2019.12.023
https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(19)31385-6