了解蛋白质和RNA的空间分布，对于定义组织病理学和阐明预测患者对治疗反应的生物标志物有重要的发现。然而，关于诊断、药物靶点、对治疗反应的预测因子以及通过组织内蛋白质和RNA定位的生物作用机制，仍有许多需要了解的地方。有鉴于此，美国NanoString技术公司Joseph M. Beechem、Christopher R. Merritt等研究人员，开发出固定组织中蛋白质和RNA的多重数字空间分析技术。

本文要点

1）研究人员研发的数字空间分析（DSP）是一种适用于福尔马林固定、石蜡包埋（FFPE）样品的蛋白质或RNA空间分析方法。该方法依赖于（1）使用寡核苷酸标签对蛋白质或RNA进行多重读取；（2）通过光切割（PC）接头与亲和试剂（抗体或RNA探针）连接的寡核苷酸标签；（3）剪切光投射到组织样品上，以PC寡核苷酸以任何空间模式释放覆盖1至5,000个细胞的目标区域（ROI）。

2）DSP能够使用抗体读数在ROI内实现单细胞敏感性，并且RNA检测可适用至约600个单独的mRNA转录本。研究人员通过使用nCounter系统显示了淋巴样、结直肠肿瘤和自身免疫组织中多达44种蛋白质和96个基因（928个RNA探针）的空间概况分析，并通过使用下一代测序（NGS）显示了1,412个基因（4,998个RNA探针）。

DSP不仅可以用于分析生物库样品中的蛋白质和RNA，而且可以用于分析患者样品中的免疫标记物，具有影响临床决策的潜力。

参考文献：

Christopher R. Merritt, et al. Multiplex digital spatial profiling of proteins and RNA in fixed tissue. Nature Biotechnology, 2020.

DOI：10.1038/s41587-020-0472-9

https://www.nature.com/articles/s41587-020-0472-9