COVID-19病毒爆发导致了全球范围大量感染人群,并导致大量的致死人数。RNA聚合酶(nsp12)是COVID-19病毒中复制和转运中关键部分,因此是抗病毒药物(瑞地昔韦remdesivir)的主要的进攻靶点。清华大学饶子和、娄智勇,上海科技大学王权等报道了冷冻电子显微镜中观测的COVID-19细菌中nsp12和辅因子nsp7、nsp8的高精度(0.29 nm)结构。Nsp12的结构结果显示,其关键中心结构和其他聚合酶类似,但是在N末端的β发夹结构域展现了新的结构。作者通过建立详细的模型对remdesivir和nsp12之间的相互作用进行表征,这种结构对设计新型抗病毒药物的开发提供了重要依据。
外端的核苷酸类似物起到功效需要RdRps的识别,并结合到位点上。当对病毒给药remdesivir和Sofosbuvir后,nsp12和HCV ns5b结构得以保留。作者对瑞地西韦二磷酸和COVID-19中的nsp12结合构建模型。总之,在给药后,D760, D761, D618催化残基发生构象变化并结合到阳离子上,之后和R555通过磷酸官能团结合。此外,remdesivir结合后保持了完整的核糖组,因此能够通过氢键作用。同时COVID-19上的T680同样能和Remdesivir上的羟基结合。此外,motif F上的V557疏水链能和+1模板RNA尿苷碱基和三磷酸化的remdesivir生成碱基对。
由于核苷类似物的相似性,这种讨论的结合位点和病毒抑制方法可能在Favipiravir法维拉韦药物的作用方式中起到类似的作用。这种药物和其他比如蛋白酶之类的潜在药物配合,可能在鸡尾酒疗法治疗病毒中展现应用前景。
参考文献
Yan Gao, Liming Yan, Yucen Huang, Fengjiang Liu, Yao Zhao, Lin Cao, Tao Wang, Qianqian Sun, Zhenhua Ming, Lianqi Zhang, Ji Ge, Litao Zheng, Ying Zhang, Haofeng Wang, Yan Zhu, Chen Zhu, Tianyu Hu, Tian Hua, Bing Zhang, Xiuna Yang, Jun Li, Haitao Yang, Zhijie Liu, Wenqing Xu, Luke W. Guddat, Quan Wang*, Zhiyong Lou*, Zihe Rao*
Structure of the RNA-dependent RNA polymerase from COVID-19 virus,Science 2020, 368 (6492), 779-782
DOI:10.1126/science.abb7498
https://science.sciencemag.org/content/368/6492/779