正在进行的全球新型冠状病毒肺炎COVID-19暴发已造成许多感染和死亡病例。COVID-19的诊断依赖于核酸检测;然而,目前推荐的方法具有较高的假阴性率,无法识别其他呼吸道病毒感染,从而导致患者误诊并阻碍流行病的控制。有鉴于此,武汉大学药学院的Tiangang Liu、武汉大学人民医院的Yan Li和中国科学院上海营养与健康研究所的Wu Wei等研究人员,结合靶向扩增和长读、实时纳米孔测序的优点,开发了纳米孔靶向测序(NTS)技术,可在6-10小时内同时检测SARS-CoV-2和其他呼吸道病毒,每次反应可检测10个标准质粒拷贝。
本文要点
1)与对5种常见呼吸道病毒的特异性相比,NTS对SARS-CoV-2的特异性达100%。
2)使用经批准的实时逆转录聚合酶链反应试剂盒对SARS-CoV-2和NTS进行平行检测,使用61个疑似COVID-19病例的核酸样本,结果显示NTS识别出更多的感染患者(22/61)为阳性,同时也有效监测突变的核酸序列,对SARS-CoV-2的类型进行分类,并在测试样本中检测其他呼吸道病毒。
因此,NTS适合于COVID-19的诊断;此外,该平台还可以进一步扩展用于其他病毒和病原体的诊断。
参考文献:
Ming Wang, et al. Nanopore Targeted Sequencing for the Accurate and Comprehensive Detection of SARS‐CoV‐2 and Other Respiratory Viruses. Small, 2020.
DOI:10.1002/smll.202002169
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/smll.202002169