近日，深圳华大基因的研究人员报告了一个灵敏的DocMF系统，该系统使用下一代测序芯片来分析蛋白质-DNA相互作用。

本文要点：

1）使用DocMF，研究人员成功地鉴定了不同CRISPR系统的各种核酸内切酶识别位点和原间隔子相邻基序（PAM）序列。DocMF可以同时以高覆盖率筛选5'和3'PAM。对于SpCas9，发现非经典的5'-NAG-3'（〜5％）和5'-NGA-3'（〜1.6％），以及常见的PAM 5'-NGG-3'（〜89.9％ ）。

2）使用DocMF广泛表征了两个未表征的Cas核酸内切酶VeCas9和BvCas12a的更宽松的PAM序列。此外，还观察到dCas9，一种缺乏核酸内切酶活性的DNA结合蛋白，优选与先前报道的5'-NGG-3'序列结合。总而言之，该研究表明DocMF是第一个能够详尽分析不同DNA结合蛋白的结合和切割特性的工具。

参考文献：

Zhuokun Li, et al., DNB-based on-chip motif finding: A high-throughput method to profile different types of protein-DNA interactions. Science Advances 2020.

DOI: 10.1126/sciadv.abb3350

https://advances.sciencemag.org/content/6/31/eabb3350