ACS Nano:通过组合设计、并行实验和机器学习,高效递送基因编辑核糖核蛋白有效载荷
文墨16 文墨16 2020-11-23

化学定义的载体如阳离子聚合物是工程病毒的通用替代品,可用于递送基因组编辑有效载荷。但是,其临床转化依赖于对广阔的化学设计空间的快速探索,并推导出控制交付性能的结构-功能关系。美国明尼苏达大学Theresa M. Reineke等人通过组合聚合物设计和并行实验工作流程发现了一种可高效递送细胞内核糖核蛋白(RNP)的聚合物。

 

本文要点:

1)通过组合RAFT聚合,合成了43种统计共聚物的化学多样性库,从而实现了理化性质的系统变化。选择了pKa值(8.1-9.2)、立体体积和烷基取代基亲脂性不同的阳离子单体。还引入了具有不同亲水性的共聚单体,从而阐明了质子平衡和疏水-亲水平衡在载体性质和性能中的作用。

2)通过图像细胞术筛选了多参数载体文库,并迅速发现了一种命中的聚合物(P38),其性能优于最新的商业转染试剂,可通过非同源末端连接获得近60%的编辑效率。

3)通过机器学习方法探究了编辑效率、细胞毒性和RNP吸收之间的结构-功能相关性,以揭示P38性能的理化基础。虽然细胞毒性和RNP摄取分别由多聚体的大小分布和质子化程度决定,但这两个多聚体设计参数对于提高编辑效率没有意义。相反,聚合物疏水性和希尔系数(描述协同作用增强的聚合物去质子化的参数)被确定为编辑效率的关键决定因素。

4)组合合成和高通量表征方法与数据科学方法相结合,能够迅速发现聚合物载体,而这种聚合载体无法凭化学直觉获得。文中统计学推导的设计规则将指导合成和优化未来的聚合物文库,而这些文库将针对基于RNP的基因组编辑治疗应用而定制。

Ramya Kumar, et al. Efficient Polymer-Mediated Delivery of Gene-Editing Ribonucleoprotein Payloads through Combinatorial Design, Parallelized Experimentation, and Machine Learning. ACS Nano, 2020.

DOI: 10.1021/acsnano.0c08549

https://doi.org/10.1021/acsnano.0c08549

 


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