本文要点
1)研究人员通过应用GpC甲基转移酶外源性标记开放染色质,使用纳米孔测序来同时评估了长链DNA上的CpG甲基化和染色质可及性。
2)研究人员对四种人类细胞系(GM12878、MCF-10A、MCF-7和MDA-MB-231)进行了核小体占有率和甲基化组(nanoNOMe)的纳米孔测序。
3)单分子拆分可实现蛋白质和核小体结合的印迹,并确定了单个分子上的组合启动子表观遗传学特征。
4)长读测序使将读段稳固地分配给单倍型成为可能,从而能够生成完全分阶段的人类表观基因组,这由染色体水平的等位基因特异性CpG甲基化和染色质可及性组成。
5)研究人员进一步将其应用于乳腺癌模型,从而评估了差异性甲基化和癌细胞之间的可及性。
参考文献:
Isac Lee, et al. Simultaneous profiling of chromatin accessibility and methylation on human cell lines with nanopore sequencing. Nature Methods, 2020.
DOI:10.1038/s41592-020-01000-7
https://www.nature.com/articles/s41592-020-01000-7