人类癌症中经常观察到抑制性免疫检查点分子的表达,例如PD-L1,可导致T细胞介导的免疫反应受到抑制。有鉴于此,美国纽约大学的Rahul Satija等研究人员,利用多模式单细胞筛选揭示抑制性免疫检查点的分子调控。
本文要点
1)研究人员应用了扩展的CRISPR兼容(EC)CITE-seq技术,该方法将汇集的CRISPR筛选与单细胞mRNA和表面蛋白测量相结合,进而探索调节PD-L1表达的分子网络。
2)研究人员还开发了一种计算框架mixscape,它可以通过识别和消除混淆的变异源来显着提高单细胞扰动屏幕中的信噪比。通过这些工具,研究人员可以鉴定和验证PD-L1的调控因子,并利用该多模式数据来识别调控的转录和转录后调控模式。
3)研究人员发现干扰素(IFN)-γ刺激后,Kelch样蛋白KEAP1和转录激活因子NRF2介导PD-L1的上调。
本文研究确定了一种调节免疫检查点的新机制,并提出了一种强大的分析框架来用于分析多模式单细胞扰动筛选。
参考文献:
Efthymia Papalexi, et al. Characterizing the molecular regulation of inhibitory immune checkpoints with multimodal single-cell screens. Nature Genetics, 2021.
DOI:10.1038/s41588-021-00778-2
https://www.nature.com/articles/s41588-021-00778-2