全基因组关联研究已经鉴定出数千种与人类特征和疾病相关的非编码变异。然而,解释这些变体的功能解释仍存在挑战。有鉴于此,美国德克萨斯大学的李蔚和Eric J. Wagner等研究人员,研究发现多聚腺苷酸化(poly A)定量性状位点图有助于解释复杂性状和疾病遗传。
本文要点
1)研究人员构建了人3'UTR替代多腺苷酸化(APA)定量性状基因座(3'aQTL)的多组织图谱,其中包含与靶基因APA相关的约40万种常见遗传变异,这些遗传变异在从467个个体的46个分离组织中鉴定(基因型组织表达计划)。
2)从机制上讲,3'aQTL可以改变poly(A)结构、RNA二级结构和RNA结合蛋白结合位点,从而导致数千次APA变化。基于CRISPR的实验表明,此类3'aQTL可以改变APA调控。
3)研究人员证明这些3'aQTLs可以识别APA调节因子,例如La相关蛋白4。最后,3'aQTLs与大约16.1%的性状相关变体共定位,并且在很大程度上与其他QTL(例如表达QTLs)不同。
本文研究表明3'aQTL将有助于揭示人类复杂性状和疾病的分子机制。
参考文献:
Lei Li, et al. An atlas of alternative polyadenylation quantitative trait loci contributing to complex trait and disease heritability. Nature Genetics, 2021.
DOI:10.1038/s41588-021-00864-5
https://www.nature.com/articles/s41588-021-00864-5