癌症的进展是由体细胞拷贝数畸变（CNA）和染色质重塑共同驱动的，但人们对这两类事件之间的相互作用在塑造癌症克隆多样性中所起的作用知之甚少。有鉴于此，美国宾夕法尼亚大学的Nancy R. Zhang、斯坦福大学的Hanlee P. Ji等研究人员，揭示癌症中的等位基因特异性拷贝数改变和染色质可及性。

本文要点

1）研究人员报道了Alleloscope，这是一种用于等位基因特异性拷贝数估计的方法，该方法可应用于单细胞DNA和/或转座酶可及的染色质测序（scDNA-seq、ATAC-seq）数据，从而能够对等位基因特异性进行组合分析拷贝数和染色质可及性。

2）根据来自胃癌、结肠直肠癌和乳腺癌样本的scDNA-seq数据，并使用匹配的连锁阅读测序进行验证，Alleloscope发现了高度复杂的多等位基因拷贝数畸变（CNA）的普遍存在，其中携带不同等位基因构型并增加相同总拷贝数的细胞在肿瘤内共同进化 。

3）在来自两个基底细胞癌样品和胃癌细胞系的scATAC-seq上，Alleloscope检测到多等位基因拷贝数事件和拷贝中性杂合子丢失，从而能够解析染色体不稳定和染色质重塑对肿瘤进化的贡献。

参考文献：

Chi-Yun Wu, et al. Integrative single-cell analysis of allele-specific copy number alterations and chromatin accessibility in cancer. Nature Biotechnology, 2021.

DOI：10.1038/s41587-021-00911-w

https://www.nature.com/articles/s41587-021-00911-w