位点特异性磷酸化在真核转录中的关键作用促使人们努力解读RNA聚合酶II的羧基末端结构域(CTD)所表现出的复杂磷酸化模式。磷酸化仍然是一个具有挑战性的翻译后修饰，难以用质谱来表征，因为不稳定的磷酸酯连接和低化学计量比率，这两个特点使高通量质谱/质谱方法的分析复杂化。识别磷酸化位点是解密CTD磷酸化的一个重大障碍，大量潜在的磷酸化位点更加放大了这个问题。一个更大的障碍是沿着周期性CTD序列的长度解码动态磷酸化模式。紫外光解(UVPD)是一种高能离子活化方法，它提供充足的多肽主链裂解，同时保留不稳定的翻译后修饰，促进其可信定位。有鉴于此，美国得克萨斯大学奥斯汀分校的Jennifer S. Brodbelt等研究人员，探明了利用紫外光解质谱评价RNA聚合酶II羧基末端域磷酸化的时空动态。

本文要点

1）研究人员报告了一种定量平行反应监测 (PRM) 方法，使用UVPD用于监测细胞周期蛋白依赖性激酶 7 (CDK7) 对 CTD 位点特异性 Ser5 磷酸化的时空变化，用于序列鉴定、磷酸位点定位和磷酸肽异构体的分化。

2）研究人员利用UVPD产生的一系列磷酸保留片段离子来创建独特的过渡列表，这对于区分CTD生成的磷酸肽阵列至关重要。

参考文献：

Edwin E. Escobar, et al. Evaluating Spatiotemporal Dynamics of Phosphorylation of RNA Polymerase II Carboxy-Terminal Domain by Ultraviolet Photodissociation Mass Spectrometry. JACS, 2021.

DOI：10.1021/jacs.1c03321

https://pubs.acs.org/doi/10.1021/jacs.1c03321