经典CRISPR基因敲除（KO）筛选依赖于Cas9引起的DNA双链断裂（DSB）来生成靶向基因KO。这些方法可能会产生扭曲的结果，因为DSB相关效应通常被错误地认为是基因扰动本身的后果，尤其是当靶向高拷贝数位点时。有鉴于此，北京大学的魏文胜等研究人员，开发出基于碱基编辑的新型高通量功能性筛选方法。

本文要点

1）研究人员报告了一种不依赖于DSB的全基因组CRISPR筛选方法，称为iBARed胞嘧啶碱基编辑介导的基因KO（BARBEKO）。

2）通过扰乱基因起始密码子或剪接位点，或通过引入过早终止密码子，该方法利用CRISPR胞嘧啶碱基编辑器进行基因组规模的KO筛选。

3）此外，它与iBAR集成，这是研究人员为提高筛选质量和效率而设计的策略。通过以高感染多样性（最多10个）慢病毒感染构建这样的细胞文库，研究人员获得了有效且准确的筛选结果，同时大大减少了起始细胞。

4）更重要的是，与Cas9介导的筛选相比，BARBEKO筛选不再受HeLa、K562或DSB敏感的视网膜色素上皮1细胞中DNA断裂诱导的细胞毒性影响。

本文研究结果表明，BARBEKO会提供一种有价值的工具来补充各种条件下的CRISPR-KO筛选。

参考文献：

Ping Xu, et al. Genome-wide interrogation of gene functions through base editor screens empowered by barcoded sgRNAs. Nature Biotechnology, 2021.

DOI：10.1038/s41587-021-00944-1

https://www.nature.com/articles/s41587-021-00944-1