ctDNA是许多癌症的一种新兴生物标志物，但目前检测方法的灵敏度有限，降低了其对诊断最小残留疾病的效用。有鉴于此，美国斯坦福大学的Ash A. Alizadeh、Maximilian Diehn等研究人员，实现对循环肿瘤DNA的灵敏检测。

本文要点

1）研究人员报道了分阶段变异富集和检测的测序（PhasED-seq），这种方法利用单个DNA片段中的多个体细胞突变来提高循环肿瘤来源的DNA（ctDNA）检测的灵敏度。

2）利用2,538个肿瘤的全基因组序列，研究人员确定了阶段性变异及其与突变特征的关联。

3）结果表明，即使没有分子条形码，PhasED-seq的检测极限也超过了先前的方法，包括双重条形码，使参与者样本的ctDNA检测在ppm范围内。

4）研究人员对213名B细胞淋巴瘤患者的678份标本进行了分析，包括弥漫性大B细胞淋巴瘤治疗前和治疗期间的系列无细胞DNA样本。

5）在使用基于下一代测序的方法（称为深层测序的癌症个性化剖析）治疗两个周期后检测不到ctDNA的参与者中，有25%的人可以通过PhasED-seq检测到ctDNA，并且其预后结果更差。

6）最后，研究人员还展示了PhasED-seq在实体瘤中的应用。

参考文献：

David M. Kurtz, et al. Enhanced detection of minimal residual disease by targeted sequencing of phased variants in circulating tumor DNA. Nature Biotechnology, 2021.

DOI：10.1038/s41587-021-00981-w

https://www.nature.com/articles/s41587-021-00981-w