免疫微环境影响着肿瘤的演化，既可以预测预后，又可以预测对免疫疗法的反应。然而，对肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）的测量由于缺乏适当的数据而受到限制。DNA全外显子组测序（WES）经常被用来计算肿瘤的突变负担和鉴别可靶向的突变。有鉴于此，英国伦敦大学的Nicholas McGranahan等研究人员，使用DNA测序数据来量化T细胞分数和治疗反应。

本文要点

1）研究人员开发了T细胞外显子TREC工具（T cell ExTRECT），这是一种利用T细胞受体-α基因（TCRA，也称为TRA）的V（D）J重组过程中T细胞受体切除圈（TREC）丢失的信号来估计WES样本中T细胞比例的方法。

2）TCRA T细胞分数与正交TIL估计值相关，与样本类型无关。女性的血液TCRA T细胞分数高于男性，并与肿瘤免疫浸润和细菌测序读数的存在相关。肿瘤TCRA T细胞分数在肺腺癌中具有预后作用。

3）通过对接受免疫治疗的肿瘤进行荟萃分析，研究人员发现肿瘤TCRA T细胞分数可以预测免疫治疗的反应，并提供了测量肿瘤突变负担以外的价值。

4）将T细胞ExTRECT应用于一个多样本的泛癌症队列，结果显示出肿瘤内免疫浸润程度的高度多样性。包含SPPL3的12q24.31-32亚克隆缺失与TCRA T细胞分数的减少有关。

本文研究结果表明，T细胞ExTRECT提供了一种成本效益高的技术来描述免疫浸润和体细胞变化的特征。。 

参考文献：

Robert Bentham, et al. Using DNA sequencing data to quantify T cell fraction and therapy response. Nature, 2021.

DOI：10.1038/s41586-021-03894-5

https://www.nature.com/articles/s41586-021-03894-5