癌症细胞群中的遗传和非遗传异质性是抗癌疗法的主要挑战。目前缺乏强有力的方法来确定预先存在的和适应性的特征如何影响细胞对治疗的反应。有鉴于此，美国基因泰克公司的Xin Ye、Scott A. Foster等研究人员，开发出识别癌症药物反应时转录程序的新方法。

本文要点

1）通过使用表达式条形码和单细胞RNA测序（scRNA-seq）进行克隆适配图和转录特征分析，研究人员开发了通过scRNA-seq跟踪不同克隆反应（TraCe-seq）的方法。

2）TraCe-seq可以在克隆分辨率上捕获复杂群体中细胞的起源、命运和不同的早期适应性转录程序。

3）研究人员使用TraCe-seq来衡量了下一代双表皮生长因子受体（EGFR）抑制剂降解剂与标准EGFR激酶抑制剂在EGFR突变型肺癌细胞中的比较。

4）研究人员确定了与EGFR蛋白靶向降解有关的抗生长活性的丧失，以及内质网（ER）蛋白加工途径在抗EGFR疗效中的重要作用。

本文研究结果表明，靶向降解并不总是优于酶的抑制，并建立了TraCe-seq作为研究预先存在的转录程序如何影响治疗反应的方法。

参考文献：

Matthew T. Chang, et al.  Identifying transcriptional programs underlying cancer drug response with TraCe-seq. Nature Biotechnology, 2021.

DOI：10.1038/s41587-021-01005-3

https://www.nature.com/articles/s41587-021-01005-3