作为一个一线科研工作者，相信你一定会遇到这样的情景：忍着最后一口气，获得了精美的数据，但是处理数据的时候，发现乱花渐欲迷人眼，不知从何下手。千万别被眼前的这些“鲜花”迷住了，你的任务是要找出所有隐藏在花丛里的“爱心”。

今天老司机便根据当年吃土年代积累一点知识，总结一些小经验分享给做晶体结构解析的小伙伴。

1、原子指认：硝基还是羧基？

     由于硝基和电离的羧基的键长均在1.2左右，硝基和羧基往往不容易区分。如果不通过化学和晶体学知识仔细辨别容易造成谬误，如某结构解析完后出现如图1所示结果，图中硝基和羧基指认并精修完后可以明显看出，硝基和羧基的键长都在1.2左右，符合键长数值。但是细看可以发现，N和C的热椭球明显比周围偏大或者偏小，这提示我们指认或许不正确。重新将硝基和羧基换调换后两者热椭球正常，表明之前解析结果不正确。一般来说，硝基中性，而羧基带负电荷更容易带正电的金属离子进行配位。

图1

2、原子指认：氮原子还是氧原子？

某配体合成设计含有亚胺基团，形成配合物晶体解析后结果如下。

图2

图中所示CN键键长略短，且氮的温度因子明显略小。checkcif后报错，氮原子可能指认不正确。将氮原子重新指认成氧原子再进行精修，发现该原子温度因子正常，且CO双键键长1.2符合相应键长规律。在该例中应该是亚胺水解生成了羰基。

图3

在水热法形成晶体过程中配体可能会发生水解，比如NN-二甲基乙酰胺水解成二甲胺，该类反应时有发生，解析时应该引起注意。

3、加氢：盐还是共晶？

现在很多研究人员开始研究共晶。在共晶生长的时候常用到羧酸和吡啶。其中羧酸可以电离，吡啶可以接受质子。在晶体生长过程中是否存在质子转移呢？当质子发生转移就生成了盐，而质子未发生转移则生成了共晶。当数据较好的时候可以通过Q峰和羧基的键长确定氢的位置。

图4

某例中存在苯甲酸和吡啶部分。其他部分均解析完全后发现有一Q峰位于羧基和吡啶环之间，此Q峰应为氢。且此氢距离羧基较近，应为羧基上的氢。且CO键长1.3表明此键为C-O单键，即羧基未发生电离。从而说明了该化合物呈共晶形式存在。

由于学识有限，如有疏漏或是错误的地方，希望大家多多指正，欢迎交流探讨！

学研汇，一个专业的科研数据分析团队，包括XRD精修，单晶解析，同步辐射等数据分析。另外，我们也从事材料测试、论文配图等业务，欢迎来约！