尿嘧啶是DNA中的一种异常碱基，由脱氧尿苷（dU）错误结合或胞嘧啶脱氨产生，参与多种生理和病理过程。尿嘧啶的全基因组图谱对于这些过程的研究非常重要。目前用于尿嘧啶全基因组定位的方法都依赖于尿嘧啶DNA N-糖苷酶（UNG），并且在分辨率、特异性和/或敏感性方面受到限制。有鉴于此，同济大学的陈义汉、Honghui Ma和复旦大学的Jinchuan Hu等研究人员，开发出了Udgx介导的尿嘧啶单核苷酸分辨测序。

本文要点

1）研究人员开发了一种UdgX交联和聚合酶停滞测序（“Ucaps-seq”）方法，以单核苷酸分辨率检测dU。

2）首先，Ucaps-seq在合成DNA上的特异性得到证实。然后在来自不同来源的两个基因组上验证了该方法的有效性。

3）Ucaps-seq不仅检测到尿嘧啶整体升高的培美曲塞治疗的癌细胞dT位点的dU富集，还检测到活化B细胞“WRC”基序内dC位点的dU，其在特定区域的dU增加。

4）最后，利用Ucaps-seq检测胞嘧啶碱基编辑器（nCas9 APOBEC）引入的dU，并在细胞环境中识别出一个新的非靶点。

本文研究表明，Ucaps-seq是一个功能强大的工具，具有许多潜在的应用，特别是在评估基本编辑保真度方面。

参考文献：

Liudan Jiang, et al. UdgX-Mediated Uracil Sequencing at Single-Nucleotide Resolution. JACS, 2022.

DOI：10.1021/jacs.1c11269

https://pubs.acs.org/doi/10.1021/jacs.1c11269