血流中循环肿瘤 DNA (ctDNA) 的分析显示了非侵入性癌症检测的前景。此前已探索染色质片段化特征以从cfDNA推断基因表达谱，但目前的片段组学方法需要高浓度的肿瘤衍生 DNA 并提供有限的分辨率。有鉴于此，美国斯坦福大学医学院的Ash A. Alizadeh和Maximilian Diehn等研究人员，从细胞游离DNA (cfDNA)片段化谱推断基因表达。

本文要点

1）研究人员将启动子片段化熵描述为一种表观基因组 cfDNA 特征，可预测单个基因的 RNA 表达水平。

2）研究人员开发了“来自无细胞 DNA 测序的表观遗传表达推断”（EPIC-seq），一种使用目标基因启动子测序的方法。

3）分析了来自 201 名癌症患者和 87 名健康成人的 329 份血液样本，展示了肺癌和弥漫性大 B 细胞淋巴瘤亚型的分类。

4）将 EPIC-seq 应用于接受 PD-(L)1 免疫检查点抑制剂治疗的患者的系列血液样本，他们表明 EPIC-seq 推断的基因表达谱与临床反应相关。

本文结果表明，EPIC-seq 可以实现具有诊断、预后和治疗潜力的无创、高通量的起源组织表征。

参考文献：

Mohammad Shahrokh Esfahani, et al. Inferring gene expression from cell-free DNA fragmentation profiles. Nature Biotechnology, 2022.

DOI：10.1038/s41587-022-01222-4

https://www.nature.com/articles/s41587-022-01222-4