适配体是寡核苷酸受体,具有很大的传感和治疗应用潜力,其是通过称为指数富集配体系统进化(SELEX)的体外方法从随机文库中分离出来的。尽管基于SELEX的方法已被广泛使用了几十年,但在如何调整选择条件以获得具有所需一组结合特性的适配体方面,实验进程的许多方面仍不清楚。因此,SELEX一般都使用任意参数进行,这些参数会产生亲和力或特异性不足的适配体,如果能够更好地理解这些基本原理,可以增加获得高质量适体的可能性。
鉴于此,来自北卡罗来纳州立大学化学系的Yi Xiao等人系统地研究了如何改变目标浓度方面的选择严格性以影响SELEX的结果,该性质这基本上是适体分离的选择压力的根源。通过对同一小分子靶进行四次单独的SELEX试验,我们实验证明,使用过高的靶浓度促进了低亲和力粘合剂的富集,同时也抑制了高亲和力适配体的富集。这些发现应广泛适用于SELEX方法,因为它们具有相同的核心操作原理,并且对于指导选择以在未来获得高质量适体至关重要。
文章要点:
1) 该研究对固定化SELEX文库进行了几项独立试验,以分离抗炎小分子药物氟尼辛的DNA适体,选择该目标是因为很难分离带负电的和疏水性小分子的适配体;
2) 此外,研究使用聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)监测每一轮SELEX实验的进展,以评估非特异性文库洗脱、反靶标结合和靶标洗脱,对每个试验中的富集池进行高通量测序(HTS),以实现对池组成进行深入分析。
参考资料:
Yi X., et al. Systematic Study of in Vitro Selection Stringency Reveals How To Enrich High-Affinity Aptamers. J. Am. Chem. Soc. (2022).
DOI: 10.1021/jacs.2c09522
https://doi.org/10.1021/jacs.2c09522