免疫检查点抑制剂(ICIs)的耐药性是癌症治疗中的一个关键挑战。有鉴于此，美国哥伦比亚大学的Benjamin Izar和麻省理工学院的Aviv Regev等研究人员，利用患者模型中的多模式混合Perturb-CITE-seq筛查确定了癌症免疫逃逸的机制。

本文要点

1）研究人员开发了Perturb-CITE测序（Perturb-CITE-seq），从而可以通过单细胞转录组和蛋白读数合并聚集的规则间隔的短回文重复序列（CRISPR）-Cas9扰动。

2）在患者来源的黑色素瘤细胞和自体肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）的共培养物中，研究人员在约750扰动与癌细胞内源性ICI抗性（ICR）相关的218,000细胞中分析了转录组和20种蛋白。

3）研究人员恢复了已知的耐药机制，包括干扰素-γ（IFN-γ）–JAK / STAT的缺陷以及RNA、蛋白质和微扰空间中的抗原呈递途径，以及新的机制，包括CD58的丢失/下调。

4）CD58的丧失在多种共培养模型中均导致免疫逃逸，并在ICR黑色素瘤患者的肿瘤中被下调。CD58蛋白的表达不受IFN-γ信号的诱导，并且CD58的丧失在不损害主要组织相容性复合物（MHC）表达的情况下提供了免疫逃逸，表明它与ICR的已知机制正交。

本文研究通过具有多模式单细胞读数的大规模干扰筛查为破译复杂机制提供了框架，并发现了潜在的临床上与免疫逃逸有关的机制。

参考文献：

Chris J. Frangieh, et al. Multimodal pooled Perturb-CITE-seq screens in patient models define mechanisms of cancer immune evasion. Nature Genetics, 2021.

DOI：10.1038/s41588-021-00779-1

https://www.nature.com/articles/s41588-021-00779-1